水質自動監測站站房內的分析儀表、控制系統、配水及預處理系統等設備采用一體式機柜式安裝方式，機柜在監測站房內的布局結合站點機柜的數量和監測站房儀表間的形狀及尺寸進行定位，一般采取“一字形”、“L形”、“工字形”進行布局定位，安裝應遵循以下原則：
機柜安裝的地面應鋪地磚，要求平整和水平、無震動，水質在線監測儀器附近無強電磁場干擾和和腐蝕性氣體。
機柜安裝方向一般要求機柜正面盡可能的正對監測站房的大門，采/配水單元機柜安裝點盡量靠近外圍采水管路進監測站房的位置，并要考慮站房內機柜采水管路安裝方便，盡量少走彎頭、少用接頭，保證溢流通暢，這樣可以保證站房內的采水管路盡可能的短，以確保采水系統的穩定運行和減少采水故障的發生。
一體化機柜之間通過長螺栓進行連接固定，具體是在兩個機柜上下的橫檔位置各用兩對規格為M8的長螺栓進行緊固，并注意機柜前后左右的平整。
由于一體式機柜尺寸為800mm×800mm×2000mm（長×寬×高），所以要求整體成型機柜的背面保持≥1000 mm的空間，正面保持≥2000 mm的空間，左右至少有一面保持≥600 mm的空間，盡量保證整體機柜周圍有足夠的空間，方便機柜內設備的日常運行維護。
一體式機柜定位好后，盡可能保持監測站房內整體布局規范、科學、合理、美觀。